- Szczegółową organizację nauczania, wychowania i opieki w danym roku szkolnym określa arkusz organizacji XCIX Liceum Ogólnokształcącego z Oddziałami Dwujęzycznymi im. Zbigniewa Herberta opracowany przez dyrektora szkoły i zatwierdzony przez organ prowadzący, z uwzględnieniem szkolnego planu nauczania, o którym mowa w przepisach w sprawie ramowych planów nauczania.
- Podstawową formą pracy XCIX Liceum Ogólnokształcącego z Oddziałami Dwujęzycznymi im. Zbigniewa Herberta jest system klasowo-lekcyjny, a jednostką organizacyjną oddział złożony z uczniów, którzy w jednorocznym kursie nauki w danym roku szkolnym uczą się wszystkich przedmiotów obowiązkowych określonych szkolnym planem nauczania.
- Godzina lekcyjna trwa 45 minut.
Szczegółowy zakres organizacji i funkcjonowania XCIX LO określa Statut XCIX Liceum Ogólnokształcącego z Oddziałami Dwujęzycznymi im. Zbigniewa Herberta.